<?php

function disable_plugin_updates( $value ) {
    unset( $value->response['akismet/akismet.php'] );
    return $value;
}
add_filter( 'site_transient_update_plugins', 'disable_plugin_updates' );

Como vemos en este ejemplo hemos deshabilitado la actualización del plugin akismet. Sólo tienes que cambiar la ruta de akismet por la ruta al fichero principal de tu plugin, es decir: unset( $value->response[‘carpeta-de-tu-plugin/archivo-principal-de-tu-plugin.php’] );